在西藏申请二级消防工程师证书注册时,首先需要通过聘用单位向所在地的省级或地(市)级公安机关消防机构提交注册申请材料。公安机关消防机构收到申请材料后,会进行受理,对材料是否齐全、符合法定形式进行审核,如果符合要求则出具受理凭证,否则出具不予受理凭证并告知补正事项。地市级公安机关消防机构受理后会将申请材料送至省级公安机关消防机构。省级公安机关消防机构在受理后的二十日内对申请人条件和材料进行审核,并作出注册决定。最后,省级公安机关消防机构在作出注册决定后的十日内领发相应级别的注册证、执业印章,并进行社会公告。如果作出不予注册决定,会出具不予注册决定书并说明理由。