在重庆地区,申请二级消防工程师证书注册需要按照以下流程进行。首先,申请人应通过聘用单位向所在地的省级或地(市)级公安机关消防机构提交注册申请材料。公安机关消防机构收到申请材料后,会进行受理,并出具受理凭证。如果申请材料不齐全或者不符合法定形式,公安机关消防机构会告知申请人需要补正的内容。省级公安机关消防机构会在收到申请材料后的二十日内进行审批,并作出注册决定。最后,省级公安机关消防机构会在十日内领发相应级别的注册证、执业印章,并向社会公告。如果申请被拒绝,公安机关消防机构会出具不予注册决定书并说明理由。以上是在重庆地区申请二级消防工程师证书注册的流程。