生物工程专业主要分为以下几个大分支

生物工程专业主要分为以下几个大分支：微生物技术、生物制药及环境保护。这些分支涉及的研究领域各不相同，但均以生物学为其基础。

微生物技术方向的研究对象主要是微生物，即细菌、真菌、病毒等微小生物。这个方向的研究内容包括微生物的生理生化、代谢调控及发酵过程控制与优化。微生物学是生物工程的基础之一，因此，该专业毕业后可从事生物制药、植物保护、环境保护等相关方向的研究、管理工作。

生物制药方向的研究对象主要是微生物及海洋微生物药用代谢产物。与化学合成药物不同，生物制药主要指微生物次级代谢物及动植物的提取物，具有生物活性大、毒副作用小等特点。该专业毕业后可从事制药行业的研发生产及管理的工作。

环境保护方向的研究对象主要是利用微生物技术来对工业有毒废气、废水的处理、生活污水处理及较大水体的治理。这个方向需要利用生物工程作为其重要的技术基础。该专业毕业后可从事国家环境保护部门、污水处理厂、化工制药相关企业的研究管理工作。

综上所述，生物工程专业的分支涵盖了微生物技术、生物制药及环境保护三个方向，这些方向都有广泛的应用前景。作为一名生物工程专业的学生，需要选择合适的方向进行深入学习和研究，并将所学知识应用到实践中，为社会做出贡献。